Você tem muitas opções, mas nenhuma delas tão boa quanto One Note (é apenas minha opinião)

1. Omnioutliner
2. Journler
3. Macjournal
4. EverNote

Growly Notes é totalmente gratuito (e muito parecido com o visual do oneNote) http://www.growlybird.com/GrowlyBird/Notes.html

No entanto, nada é tão bom quanto oneNote (se é isso que você gosta). Você pode instalar o OneNote 2007 no OSX usando crossover (basicamente 'wine'). Isso não funciona com o oneNote 2010, apenas 2007. Ele inicia rapidamente e funciona perfeitamente. O único problema que vejo é que o hot linking trava o oneNote. Se você tentar instalar, procure a configuração personalizada do oneNote 2007 no crossover, se durante a configuração ele reclamar de fontes etc ... continue com a instalação e pule e problemas. O OneNote 2007 funcionará bem no OSX 10.6
http://www.codeweavers.com/products/impersonator/

Se você estiver procurando por algo um pouco diferente, mas tão viciante quanto o OneNote, eu recomendaria tentar um programa chamado Scrivener. É um dos poucos programas que descobri ser perfeito para escrever & organizando meus pensamentos.
http://www.literatureandlatte.com/scrivener.php

Você mencionou freemind (mapeamento mental), eu recomendaria totalmente um programa chamado Vue, é gratuito também, muito inteligente, e não tão linear quanto o freemind, também permite adicionar notas, palavras-chave, camadas etc. para organizar seus dados.
http://vue.tufts.edu/

Usei todos os outros aplicativos sugeridos (evernote, yojimbo, etc.). Eu gosto deles , e usá-los. Mas espero ter destacado alguns aplicativos muito úteis / legais, que a maioria das pessoas não conhece.

• Coisas
• OmniFocus

e outra votação para o Evernote.

Todos os três oferecem uma forma de sincronização entre dispositivos.

No momento, estou avaliando DEVONthink e parece ser uma alternativa melhor, embora mais complicada, para Yojimbo. Eles têm um aplicativo iOS (um pouco caro e áspero nas bordas, mas ainda assim utilizável). Você pode avaliar o produto por 150 horas de tempo de execução.

Evernote é a solução ideal, no entanto, se você precisar acessar seus dados em plataformas diferentes e não se importar muito com a sincronização manual.

Yojimbo. Porém, ele só funciona no Mac OS X. Não há variante do Windows (ao contrário do Evernote)

O Evernote é ótimo se você estiver trabalhando com vários computadores (incluindo smartphones e tablets), mas não tem todos os recursos do OneNote.

Usei o Things para rastrear itens de tarefas e adorei a interface do usuário e seus recursos. Eles têm um ótimo aplicativo para iPhone e iPad, mas não gostei muito dos recursos de sincronização entre o telefone, o teclado e o desktop. Ele sincroniza pela rede. Não é grande coisa, mas me deu nos nervos depois de um tempo. Se você estiver usando apenas um ou mais desktops, eu recomendo isso como um rastreador de tarefas.

Eu uso Yojimbo para pesquisas em meus macs. Gosto dos bookmarklets do Safari. Eles funcionam muito bem e são ótimos para inserir todos os tipos de informações e marcá-los. Você pode criar pastas inteligentes com base nessas marcas. Novamente, eu observaria que o aplicativo para iPhone está um pouco faltando agora. A sincronização é feita via .mac apenas neste momento. Esse pode ser um dos poucos bons motivos para comprar o serviço. Se você estiver usando mais de um PC ou quiser coletar dados em um dispositivo móvel, eu diria que o Evernote é uma solução melhor.